Nova strategija cijepljenja usmjerena je na  cjeloživotno cijepljenje, razvoj novih cjepiva i korelaciju između antimikrobne rezistencije i cijepljenja .

Kliničko značenje cijepljenja osobito je važno za kronično  bolesnu djecu i pri tome je neobično važna dobra komunikacija s roditeljima.

Cijepljenju kronično bolesnog djeteta   pristupa  se indiidualno , primjereno zdravstvenom statusu djeteta , planiranim medicinskim intervencijama i  prema  epidemiološkoj situaciji .

Primjer specifične  kliničke indikacije za prevenciju  bolesti cijepljenjem djeteta  je trasnplantacija organa. Prije  transplantacije potrebno je provesti cijepljenje , osobito živim cjepivima , zato što su  ista  kontraindicirana  kasnije u očekivanoj imunosupresiji.

Za transplantiranu djecu  važno je  cijepljenjem  prevenirati mogućnost obolijevanja od influence , varičela , morbila, rubeole, parotitisa i invazivne pneumokokne bolesti , zato što pojavnost nabrojanih zaraznih  bolesti može znatno  kompronitirati uspjeh transplantacije.

Nema dokaza da  prethodno cijepljenje uzrokuje odbacivanje transplantiranog organa .

Osim cijepljenja   prama osnovnom kalendaru cijepljenja ,  moramo  omogučiti  dodatna cjepiva kod  djece  sa   asplenije, srčanim greškama , kroničnom bolešću jetre i bubrega , metaboličkim bolestima uključujući i dijabetes , zloćudnim bolestima i imunodeficijecijom .